En 1907, le fondateur de la compagnie Chisso, Jun Noguchi, installe une usine pétrochimique à Minamata, au sud-ouest du Japon. La main-d'œuvre est principalement locale mais les cadres dirigeants sortent des plus hautes universités japonaises. À partir de 1932, cette usine rejette de nombreux résidus de métaux lourds dans la mer dont du mercure. L'oxyde de mercure est utilisé comme catalyseur pour la synthèse de l'acétaldéhyde CH3CHO. Vingt ans plus tard, les premiers symptômes apparaissent (de nombreux problèmes liés au système nerveux, par exemple la perte de motricité) et la première description de la maladie remonte à 1949. À cette époque, on considère l'entreprise Chisso comme un exemple de réussite économique : c'est une des rares entreprises qui a su continuer à fonctionner durant la guerre.
Suite notamment à la consommation de poissons, on compta près de 900 décès de 1949 à 1965. La firme a par ailleurs reconnu 2200 malades officiels mais a payé près de 10 000 personnes atteintes pour qu'ils arrêtent les poursuites judiciaires (22 000 dollars chacun). Des mères ne présentant aucun symptôme ont donné naissance à des enfants gravement atteints (malformations plus ou moins lourdes, handicaps divers ou multiples, enfants mort-nés…).
En 1959, le docteur Hajime Hosokawa, employé de la firme Chisso, acquit la certitude, suite à des expériences qu'il mena sur des chats, que les phénomènes observés étaient liés à la pollution par le mercure. On avait, en effet, remarqué que les chats du port devenaient fous jusqu'à se jeter dans la mer pour s'y noyer. Ceci apportait une note apocalyptique au mal qui touchait la ville, mais permit de faire le lien avec la population la plus touchée : les familles de pêcheurs. Les poissons tenaient une part importante dans l'alimentation de ces deux groupes.
Les déversements de mercure continuèrent jusqu'en 1966 où un procédé de synthèse plus économique (et accessoirement moins polluant) fut mis en place. Durant toute cette période (1932-1966), environ 400 tonnes de mercure furent rejetées dans la baie.
À partir de 1977, les boues contaminées furent traitées et stockées.
En 1993, le mariage du prince héritier Naruhito avec la petite fille de Yutaka Egashira, président de Chisso à l'époque des faits, provoqua une indignation passagère au Japon.
Il fallut attendre 1996 pour que l'État propose un compromis pour indemniser l'ensemble des victimes.
A la date de 2009, 53 ans après le début officiel de la maladie (mai 1956), plus de 13 000 malades ont été reconnus par l'entreprise et l'État :
- 2 955 personnes reconnues par les comités préfectoraux ;
- 51 personnes, à l'issue de la décision de la Cour suprême en 2004 ;
- 10 353, lors du compromis politique de 1995/96.
- 6 103 attendent une décision du système de reconnaissance ;
- 17 780 reçoivent un certain suivi médical, mais il ne donne pas droit à une indemnisation et une reconnaissance de jure ;
- 1 509 sont encore en procès avec l'État.
Il existe, à long terme, une augmentation sensible du nombre de leucémies1.
L'orpaillage (l'extraction de l'or) utilise une grande quantité de mercure qui, sans traitement, risque de
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